在猪场生产中，消毒剂的使用很是普遍，但是如果不注意影响消毒剂使用效果的因素，则欲速而不达。简单来讲，影响消毒剂效果的因素主要包括：
1、消毒剂的性质、浓度和作用时间
各种消毒剂的理化性质不同，对病原微生物的作用也有差异。绝大多数消毒剂在高浓度时杀菌的效果较好，当浓度降低到一定程度时候只有抑菌效果。消毒剂浓度过大并不一定会提高消毒效果，例如醇类，75%的乙醇消毒效果就最好，因为过高浓度的乙醇会使菌体表面的蛋白质迅速凝固，反而影响其继续渗入，杀菌效果就降低！
2、病原微生物的种类和数量
同一消毒剂对不同种类和处于不同生长期的微生物的杀菌效果不同。例如75%的酒精可以杀死一般的细菌繁殖体，但不能杀灭细菌的芽孢。因此，必须根据消毒对象选择合适的消毒剂。此外，病原微生物的数量越多，所需要的消毒时间也就越长。
3、温度
一般来讲，温水的消毒效果要好于凉水或冷水。
4、酸碱度
有个别消毒剂的杀菌作用受到酸碱度的影响，例如戊二醛本身呈中性，其水溶液呈弱酸性，当加入碳酸氢钠后才会发挥杀菌的效果。
5、药物的相互拮抗
众所周知，不同种类的消毒剂理化性质不同，当两种消毒剂合用时可能会产生相互拮抗，使药效降低。例如某些阴离子的清洁剂与阳离子清洁剂苯扎溴铵共用时，会发生化学反应，从而使消毒效果减弱，甚至完全消失！